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近視雷射利用如此短周期的紅外光（波長為1053奈米，nm）雷射，可以將治療部位周邊組織的傷害，及可能引起的發炎反應降到最低，而精準度更可達到一微米（μm）。 由於眼睛是人體最精細的光學器官，所以，飛秒雷射在眼科也最常被應用。王元聖醫師以角膜移植手術為例表示，傳統以環狀刀手工切割角膜來進行移植，但技術門檻高，且傷口不平整，容易留下散光副作用，影響癒合。現在以電腦輔助飛秒雷射精準切割來取代手工，患者術後視力品質大幅提升。近視雷射目前主流的LASIK屈光雷射手術，成功的關鍵在角膜瓣的製作，但傳統以角膜板層刀製作角膜瓣，對於先天角膜特別平或特別陡，度數特別深的患者來說相當不利。利用飛秒雷射來製作角膜瓣，搭配即時影像系統監控輔助，就可以做出大小厚度趨近一致的角膜瓣，使矯正度數更精確，
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